板藍根味苦、性寒，具有清熱解毒、涼血、消斑、利咽等功效，主要用於溫熱病發熱、頭痛、喉痛、斑疹、流行性腮腺炎、癰腫瘡毒等病症的治療。板藍根具有體外廣譜抗菌作用(包括痢疾細菌、沙門氏細菌、溶血性鍊形菌)，是抗菌消炎、止痛、退熱的傳統中草藥，是藥三分毒，板藍根也是有副作用的，在使用的時候應當慎重。
感冒大多由病毒感染所致，中藥板藍根雖有抗病毒的作用，但中醫學把感冒分爲風寒型感冒和風熱型感冒兩大類，又由於季節的不同，感受外邪(致病因 子)的不同，又有夾溼、夾暑、夾燥的不同，如果患感冒不分寒熱、虛實和夾雜，一味用板藍根治療，是不科學的。
用量過大。板藍根毒性極小，極少數人服用常規量會有輕度消化道症狀。曾經有一個報道說的是一腮腺炎患兒同時用板藍根注射液、板藍根煎劑和含片，6天，引起上消化道出血現象。
過敏反應。絕大多數爲板藍根注射液所引起的，表現爲頭昏眼花、氣短、嘔吐、心慌、皮疹，有時爲全身多形紅斑型藥疹，嚴重者血壓下降而出現過敏性休克。曾有報道：一患者因流行性感冒服用板藍根沖劑後10分鐘出現頭昏，眼花胸悶，氣短，嘔吐等症狀，而後出現面脣青紫，全身面板潮紅，瘙癢，經臥牀休息2天后症狀緩解。第2天再次服用板藍根沖劑後上述症狀再次出現，並出現面色蒼白，全身出現多形紅斑疹，被診斷爲板藍根沖劑引起的急性過敏。
板藍根屬寒涼之品，雖無中毒的報道，但也不可濫用，健康人，特別是老年人、脾胃虛寒的人不宜長期單味服用板藍根，以免傷及脾胃甚至引發其它疾病。在服用的過程中，如出現不明原因的身體不適或其他反應，應及時查明原因，給予治療。
板藍根主治溫毒所致的疾病，如流感、上呼吸道炎症、流腦、腮腺炎、急性腸炎、菌痢、肝炎、顏面丹毒、熱病發斑等。雖然藥理研究表明，板藍根對多種病毒與病菌有明顯的抑制作用，但不要忘記它是一味苦寒藥物。所以，對於上述疾病，只有出現溫熱、熱毒、溼熱內盛證候時，才能使用。
體質素虛，經常感冒者、慢性胃腸炎患者、低血壓、精神不振者、過敏體質者、患血液系統疾病者要慎用板藍根，其他如患有胃下垂、消化性潰瘍、甲狀腺機能減退、心律失常等疾病，也要慎用。
少年兒童應該避免大劑量，長期服用板藍根。輔仁板藍根顆粒這樣的抗病毒清熱解毒藥，本來毒副作用很小，但是用的時間長了，吃的數量多了，就會積“藥”成疾，釀成後患。在臨牀中使用板藍根沖劑造成小兒過敏反應、消化系統和造血系統損害的病例屢見不鮮。服用“板藍根”等呼吸道疾病藥物時，有過敏史者一定要注意不要輕易服用。對於小兒，千萬不能用成人劑量，更不能長期大劑量服用。如果在用藥中發生了過敏反應，首先應立即停藥，並迅速送往醫院;如是上消化道出血，除立即停藥外，還應禁食，並儘快送醫院處置。